I Ribe, begyndelsen af 1600-tallet, er byen under Guds og kongens beskyttelse, og handelslivet blomstrer i den voksende købstad. Lov og orden hersker, og hver søndag samles byens borgere i domkirken, hvor de kender deres plads. Men under det velordnede liv lurer frygten for mørke kræfter og heksekunsternes skjulte magt.
Anne Skomager bliver en dag opsøgt af den nye præst i sognet. Han er bleg og ængstelig og taler om sort magi, mens han advarer hende mod at lade sig lokke af det onde. Han insisterer på, at hun skal læse sine bønner og salmer og stoppe med at sidde alene i mørket, for ellers byder hun sig selv til de mørke kræfter. Er præsten forvekslet? Anne er overbevist om, at hun aldrig har gjort nogen fortræd, men hvad ved hun egentlig om sig selv? Da hendes gamle frier, Henrik, uventet dukker op, begynder hun at tvivle på, om hun virkelig kender sig selv. For der er kræfter i hende, som hun aldrig har været klar over.
Herreens Bødler er en fængslende fortælling om overtro, hekseri, kærlighed og brændende begær i en tid, hvor ethvert smil kan være en åbning til dæmonernes verden.
