Det er aldrig før sket i Danmark, at en regering har hjemsendt sin spionledelse og givet Politiets Efterretningstjeneste tilladelse til at overvåge chefen for Forsvarets Efterretningstjeneste døgnet rundt i et år, for derefter at anholde, fængsle og sigte ham samt den tidligere forsvarsminister for landsforræderi.
Senere faldt sagen sammen, da Højesteret krævede, at retssagen skulle føres for åbne døre, hvilket afslørede landets største statshemmelighed gennem årtier – hemmeligheden om et dansk-amerikansk kabelsamarbejde.
I De aflyttede fortæller journalisten og forfatteren Hans Davidsen-Nielsen hele historien om, hvordan det kunne gå så galt, og hvordan han selv – omtalt som ”journalist E” i anklageskriftet – ufrivilligt blev en del af det, der nu er kendt som FE-sagen.
Bogen indeholder også interviews med blandt andre Lars Findsen, Claus Hjort Frederiksen og hidtil ukendte hovedpersoner, hvis liv for altid er blevet forandret.